Creció en una familia de cuaqueros con inclinaciones artísticas, pese a ello, fomentaron su espíritu científico y luego de terminar la preparatoria financiaron sus estudios de matemáticas en el Earlham College y luego la maestría en la Brandeis University. Cuando en 1961 la computación tenía todo por desarrollar, Margaret fue aceptada en el "MIT" (Massachusetts Institute of Technology) como desarrolladora de software para la división de radares de la fuerza aérea. Sus experiencia y logros hicieron que cuando la NASA se acercó al MIT en busca de desarrolladores de sistema, Margaret fue el nombre propuesto. Hamilton en su rol de directora de la División de Ingeniería de Software del MIT y la NASA desarrolló el software de navegación "On-board" para el Programa Espacial Apolo y la estación espacial "Skylab", sus códigos compilados sumaban 12 volúmenes que uno encima de otro alcanzaban la altura de 1,75 mts. Durante el proceso de alunizaje del Apolo XXI, minutos antes de tocar la superficie, la computadora diseñada por Hamilton comenzó a dar innumerables alarmas, todas las miradas de control de mando se posaron en Margaret que mantuvo la calma, de ella dependía la decisión de abortar o proseguir. Confiando en su diseño dio la orden de proceder, Buzz Aldrin confió en ella y continuó con el descenso, luego de hacer historia y con el módulo "Eagle" posado sobre la superficie lunar, Margaret descubrió que el problema había sido la lista de procedimientos de aproximación elaborada por control de misión que erróneamente le indicaba a los astronautas encender un radar de apoyo diseñado para la navegación espacial que comenzó a dar datos confusos a su computadora. Luego del éxito de la misión "Skylab" Margaret se retiró con honores de la NASA, aunque siguió siendo motivo de consultas, en honor a sus aportes se le entregó el "NASA Exceptional Space Act Award", máxima distinción otorgada por la "National Aeronautics and Space Administration"
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