Juan fue un estudiante prodigioso, sumado a su constancia y determinación lo hicieron lucirse en su etapa Universitaria. Todos los años su nombre figuraba en el cuadro de honor del colegio Lacordaire de los Dominicos, a los 14 años terminó el bachillerato. Con solo 15 años ingresó a la Facultad de Medicina de la Universidad de Buenos Aires, de la que egresó a los 22 años con diploma de honor. Fue en los hospitales Rawson y Clínicas, donde comenzó a especializarse en medicina infantil. Empezó a teorizar y elaborar instructivos para la atención de niños que luego enseñaba en su cátedra de Higiene, rápidamente quedó a cargo de la cátedra de Puericultura del Hospital de Clínicas. Su trabajo mas querido fue el de jefe de inspección de salud infantil en las escuelas, verdadero trabajo preventivo. Sus conocimientos lo llevaron a estar a cargo de la sección de pediatría del Hospital Rivadavia, de la Escuela de Niños Débiles Nº 1 y de la Sociedad de Higiene y Microbiología de Buenos Aires. Su firme antiperonismo hizo que él mismo cerrara las puertas de posibilidades laborales entre 1945 y 1955, aunque se mantuvo en actividad a cargo de maternidades de varios hospitales porteños. El tiempo alejado de las cátedras lo utilizó para escribir libros de divulgación de sus métodos revolucionarios de atención infantil, tales como "Medicina Infantil", "La pediatría: ciencia y arte" y "La salud del hijo". Estos textos fueron utilizados por varios ministerios de salud de América Latina para implementar departamentos pediátricos en sus hospitales. Garrahan falleció el 3 de Abril de 1965, en 1979 la secretaría de salud de la nación, eligió su nombre para el nuevo hospital nacional de pediatría Argentino.
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