Se inició futbolísticamente en Huracán de San Luis pero rápidamente pasó por Sarmiento de Junín, Jorge Newbery de Villa Mercedes, Sportivo Estudiantes y finalmente Gimnasia y Esgrima de Mendoza donde se afianzó. En 1984, su potencia y habilidad lo llevaron a Millonarios de Colombia, donde fue goleador e ídolo de su afición. En 1986 fue contratado por River Plate donde formó parte de una de las épocas mas gloriosas del club conquistando las Copa Libertadores, Copa Interamericana y la Copa Intercontinental. Prosiguió su carrera con un breve paso por Europa, jugando para el Olympiakos de Grecia y el Nantes de Francia. En 1989 fue contratado por el Niza, pero en la revisión médica le detectaron una endocarditis protésica y le recomendaron que abandonara el futbol. Devastado por la noticia regresó a la Argentina donde fue convocado por Boca Juniors, pero nuevamente la revisión médica le impidió ser contratado. Una luz de esperanza se abrió cuando Vélez Sarsfield lo contrató en 1989, allí pudo jugar 25 partidos y convertir 12 goles, pero en 1991 el mismo club le recomendó abandonar el futbol. Juan hizo caso a sus médicos pero esto no impidió que muriera el 11 de Enero de 1992, solo tenía 28 años.
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