El adelantado Don Pedro de Mendoza, al mando de la expedición colonizadora española, bautizó la ciudad con el nombre de Nuestra Señora del Buen Ayre. Es una de las pocas ciudades en el mundo que fue fundada dos veces. Efectivamente, cuarenta y cuatro años después de la primera fundación, hubo una segunda fundación de Buenos Aires el 11 de Junio de 1580. Estuvo a cargo de Juan de Garay, proveniente de Asunción del Paraguay. En esta oportunidad se la denominó Ciudad de la Trinidad y Puerto de Santa Maria del Buen Ayre. El propósito de la primera fundación de Buenos Aires era el de controlar el acceso al Río de la Plata y evitar que los portugueses con su política expansionista remontasen el río Paraná. Buenos Aires era, para el imperio español, un enclave estratégico
Por aquella época, se suponía que estas tierras eran la puerta de acceso al imperio del rey blanco y la Sierra de la Plata. Pareció corroborar esta teoría, la llegada de Hernando de Pizarro, en enero de 1534 a Sevilla. Pizarro traía consigo muestras de los maravillosos tesoros provenientes de Perú. Esto incentivó la fantasía de la búsqueda del mítico reino y su Sierra de la Plata. Don Pedro de Mendoza influenciado por este panorama, que creía prometedor, firmó el 21 de mayo de 1534 una Capitulación. Por este acuerdo se le concedía el título de Primer Adelantado del Río de la Plata, es decir señor o gobernador de las tierras conquistadas.
Tenía derecho a explorar 200 leguas, aproximadamente 1000 Km de Norte a Sur entre ambos océanos. Esto era equivalente a la mitad norte de Argentina, y sin límite precisos.
En contraprestación tenía la obligación de financiar toda la expedición. Tendría que fundar 3 fortalezas de piedra y explorar el Río de la Plata, el Paraná y el Paraguay. Todo ello para llegar al ansiado tesoro, del cual podría quedarse con una parte, y el resto ponerlo a disposición de la corona de España.
Don Pedro de Mendoza vencedor del saqueo de Roma, donde contrajo sífilis, invirtió para esta expedición toda su fortuna y lo que quedaba de su salud. Montó una impresionante flota que partió de Sanlúcar de Barrameda el 24 de agosto de 1535. De las 16 naves que componían la armada, una se desvió a Santo Domingo y otra naufragó en las costas de Brasil. Arribaron a nuestras tierras 14 navios para la primera fundación de Buenos Aires. La mayor parte de los historiadores acuerdan en que la primera fundación de Buenos Aires fue en febrero de 1536.
Don Pedro de Mendoza, Primer Adelantado del Río de la Plata, llegó a nuestras costas con una dotación, que los historiadores suponen, de entre 1500 a 1800 hombres y mujeres.
Eligieron un lugar entre el parque Lezama y los Altos de San Pedro, por ser esta una zona de barrancas. Resultaba una ubicación estratégica, para defenderse de los ataques terrestres, y de fácil acceso al puerto natural formado por el brazo norte del Riachuelo.La Ciudad y Puerto de Nuestra Señora de los Buenos Aires, fue en sus orígenes un conjunto de ranchos de barro y paja con un cerco perimetral de tierra apisonada.Los habitantes de la tierra donde se pretendía llevar a cabo la primera fundación de Buenos Aires, eran los indios pampas. Los españoles los denominaron querandíes, palabra guaraní que significaba “gente de grasa”, probablemente por su dieta de carnes de caza.
Los querandíes eran nómades. Los españoles por lo tanto, no encontraron ni palacios, ni tesoros, ni pueblos dóciles a los cuales someter.
Al principio la relación era amigable y durante 14 días,los aborígenes suministraron alimento a los españoles. Luego los querandíes se sintieron maltratados y dejaron de llevarles el sustento.Entre tanto los habitantes de Buenos Aires seguían acosados por el hambre. Entonces Mendoza envía un contingente en busca de alimentos. Parten 300 de sus mejores hombres, treinta de ellos a caballo. Entre los hombres que envía se encuentran su hermano Diego de Mendoza y su sobrino Pedro Benavídez.
La expedición se enfrentó a los querandíes, a orillas del río Lujan cerca de una laguna. Los españoles rechazaron a los indios, pero en el combate murieron el hermano y sobrino de Mendoza entre otros.En total fueron 38 españoles y mas de 1000 indios, los muertos aquel día.
En este episodio se dice que murió un tal Diego Luján, que fue arrastrado por su caballos hasta las profundidades del río que hoy lleva su nombre. Según algunas teorías, este hecho se conoce como la Matanza de Corpus Christi, que dio nombre al valle del río Luján, que se denominó valle de Corpus Christi. Estos hechos son simultáneos a la fundación del fuerte Corpus Christi el 15 de junio de 1536. ocos días después, el 24 de junio, se produce el asedio a Buenos Aires. Fue obra de querandíes y guaraníes.
Como consecuencia del mismo, el hambre entre los sitiados culminó con escenas de antropofagia. Los pormenores se conocen por los testimonios de los sobrevivientes.
Entre ellos estaba Ulrico Schmidl, soldado alemán, veedor de los banqueros Wesler y primer cronista del Río de la Plata.Pedro de Mendoza solo en Buenos Aires, muy enfermo y desanimado, parte para España el 22 de abril de 1537. Fallece en alta mar el 23 junio de 1537. Muerto Mendoza y desaparecido Ayolas, se desata la lucha por la sucesión, de la cual sale victorioso Martínez de Irala. Ordena despoblar y quemar Buenos Aires en 1540, contra la opinión de sus 350 pobladores que son trasladados a Asunción.
Cuatro años despues de la primera fundación de Buenos Aires, ésta era despoblada. Los motivos que se esgrimieron fueron fortificar la posición del fuerte fundado por Juan de Salazar, estar mas cerca de la Sierra de la Plata, y desalentar cualquier futura competencia por el poder.El fracaso de la primera fundación de Buenos Aires, fue la mas flagrante derrota que sufriera el imperio español de Carlos V en las Indias.