Lo regentearon los P.P Mercedarios, en 1830 pasó a ser templo parroquial, en 1917 S.S Benedicto XV lo elevó a Basílica. En 1803 fué ocupado militarmente por las tropas defensoras de Buenos Aires, y ese año durante los combates de la reconquista el General Santiago Liniers dirigió el ataque a la Plaza Mayor desde este atrio. Sus claustros se habilitaron para Hospital de sangre.
En 1812 el General Manuel Belgrano, consagró a la Virgen de la Merced de este histórico Templo tres trofeos tomados a los realistas en la batalla de Tucumán.
El edificio contiguo fué sucesivamente convento de los Mercedarios.Cuartel, Casa de Huérfanas y sede de la Sociedad de Beneficencia creada por Bernardino Rivadavia.
Durante la campaña contra el Imperio de Brasil en 1827 se asistió en sus claustros a numerosos heridos. Aquí se estableció en 1859 la Sociedad de San Vicente de Paul difundida en el país, siendo su primer Presidente el Gobernador de Buenos Aires Don Felipe LLaVallol. En 1882 Monseñor Antonio Rasore, cura rector de esta parroquia fundó la Biblioteca Católica de La Merced. Este templo fué declarado Monumento Histórico por decreto del Gobierno Nacional el 21 de Mayo de 1942
