A principios de 1902, su salud se deterioró; por los estudios que le realizaron, se determinó que había contraído tuberculosis. Monseñor Juan Cagliero decidió trasladarlo a Viedma, con la esperanza de que los aires nativos ayudaran a recuperar su salud. A comienzos de 1903, en el colegio San Francisco de Sales de Viedma, comenzó su estudio secundario como aspirante salesiano. El sacerdote médico Evasio Garrone, junto con el enfermero del hospital, el beato Artémides Zatti, cuidaron de Ceferino. El 19 de julio de 1904, con 17 años, Ceferino fue trasladado a Turín (Italia), por monseñor Cagliero. Los salesianos pensaron que en ese lugar recuperaría la salud y podría continuar sus estudios de sacerdocio. Estudió en el colegio salesiano de "Villa Sora", en Frascati, Roma. En Turín, el beato Miguel Rúa, el primer sucesor de San Juan Bosco, conversó varias veces por semana con Ceferino. El 27 de septiembre de 1904, Ceferino visitó al papa Pío X, luego san Pío X, junto con monseñor Cagliero, los sacerdotes José Vespignani y Evasio Garrone y otros salesianos. A Ceferino le encomendaron la tarea de pronunciar un breve discurso y obsequió al pontífice un quillango mapuche. A su vez, Pío X le obsequió la medalla destinada a los príncipes. En marzo de 1905, la tuberculosis volvió a afectar su salud. Fue internado en el Hospital de los Hermanos de San Juan de Dios, donde fue atendido por el Dr. José Lapponi, médico personal de los papas León XIII y Pío X. El 11 de mayo de ese mismo año, a los 18 años de edad, Ceferino Namuncurá murió acompañado por monseñor Cagliero. Fue enterrado al día siguiente de su fallecimiento en el cementerio popular de Roma, en Campoverano, con la presencia de pocos salesianos y compañeros de estudio bajo el amparo de una cruz de madera con su nombre. En 1924 los restos de Ceferino Namuncurá fueron repatriados por orden del presidente Marcelo T. de Alvear y llevados a la capilla reconstruida del antiguo Fortín Mercedes, situado frente a la vecina localidad de Pedro Luro. El 12 de agosto de 2009, sus familiares trasladaron sus cenizas a la Comunidad de San Ignacio, en el departamento Huiliches (provincia de Neuquén), a 60 km de Junín de los Andes, bajo el rito de la religión mapuche. Su familia está relacionada con la familia ranquelche Epumer, la familia Namuncurá continúa siendo una referencia importante en la nación mapuche. Juan Namuncurá, músico y activista, es un difusor de la cultura mapuche
