El 17 de octubre de 1899, el general liberal Juan Francisco Gómez Pinzón toma la población de El Socorro y vence a las tropas gubernamentales del Capitán conservador Sanmiguel, dando inicio a la sangrienta "Guerra de los 1000 días" que tiñó de sangre el territorio colombiano.

La Constitución Colombiana de 1863 sancionada por los liberales establecía un estado fuertemente federal, a tal punto que permitía que cada estado tuviera su propio ejército, a veces mas poderoso que el nacional, esto provocaba que simples conflictos sociales o comerciales terminaran en enfrentamientos armados. Para revertir esta conflictividad se sancionó la Constitución conservadora de 1886, lejos de traer soluciones, generó mas problemas. El corte centralista se parecía mas al totalitarismo, censura a la prensa, despidos masivos, persecución a opositores y control de los contenidos educativos (a cargo de la iglesia). Para poner el conflicto a punto de ebullición, ambos bandos estaban divididos, los conservadores nacionalistas pretendían profundizar el centralismo mientras que los conservadores tradicionalistas pretendían gobernar colegiadamente, por su parte la oposición se debatía entre una resistencia política y una armada. El 17 de octubre estalla el conflicto, en un principio los generales de ambos bandos intentaron dar un marco de respeto y caballerosidad a la contienda respetando a los vencidos, pero la generalización de la guerra a todo el territorio lo hizo impracticable y pronto aparecieron grupos anárquicos de bandoleros que la tornaron una guerra de guerrillas. Alzamientos y batallas en Santander, Cauca,  Panamá, Tolima y Palonegro nacionalizaron el conflicto, para peor, países vecinos como Venezuela, Ecuador y Nicaragua apoyaban la rebelión Liberal, los EEUU querían sostener el gobierno conservador. La guerra terminó el 24 de octubre de 1902, luego de 1102 días donde murieron mas de 100 mil colombianos y dejaron una nación sin aparato productivo, con sus vías férreas y carreteras inservibles, sin comercio internacional y con las mismas divisiones políticas que antes de la guerra. Hicieron falta un año de pactos y tratados para que ambos bandos depongan las armas definitivamente, o por lo menos por un tiempo. La consecuencia inmediata fue la independencia de Panamá que solo 15 días después de proclamarla recibió la confirmación de la construcción del tan ansiado Canal que comunicaría los océanos Atlántico y Pacífico.