Fue construido por el dinámico sacerdote de esa orden, R. P. Fray Alfredo L. Vera. Remplazó la vieja iglesia levantada por el padre Manuel A. Vásquez a poco de fundarse, el 31 de marzo de 1861, la ex villa departamental. Su arquitectura es similar a la Iglesia Argentina existente en Roma (Italia) y que pertenece a la congregación mercedaria. En su interior, en el costado este de su amplia galería superior se encuentra el altar desde donde la histórica imagen de la Virgen de la Merced, Patrona de la ciudad y del departamento, extiende su protección espiritual sobre la población lugareña. En ámbito interno de la iglesia, reposan los restos de los fundadores de la ex villa Maipú, R. P. fray Manuel A. Vázquez y don José Alberto de Ozamis.
